Los orígenes del  Boyero de Berna se remontan siglos atrás en el tiempo, en las montañas y remotos valles del interior de Suiza, país donde la raza se originó. Sus antepasados vivieron y trabajaron con los granjeros celtas como perros de guarda.

Hacia el año 1000 d.C. en las granjas suizas más prósperas había grandes perros, cuya función era proteger al ganado u otras pertenencias, y a las familias, mientras que en granjas más pobres los perros eran de menor tamaño.

Parece que esos perros eran criados para desempeñar tareas específicas, a pesar de que la cría selectiva no era todavía práctica común en aquella época. Durante muchas generaciones, apacentar el ganado fue la tarea más importante de todos los perros boyeros. Adicionalmente, los perros eran usados como guardianes.

Había una gran demanda de estos ejemplares y hacia mediados del siglo XIX el centro de este comercio se encontraba en Durrbachler Gasthaus. Quizá por ello la raza empezó a ser conocida como Durrbachler.

Su extensa investigación sobre las cuatro razas montañesas suizas le condujo al establecimiento de la Fundación Albert Heim. En 1904, varios aficionados a esta raza convencieron a la Asociación Canina Suiza para que abriera una clase destinada al Durrbachler durante una exposición que iba a celebrarse en Berna. Fueron exhibidos seis machos y una hembra, y el desarrollo de la raza quedó establecido cuando cuatro de aquellos perros fueron registrados (en el libro de orígenes) por la asociación al año siguiente. Durante los diez años que siguieron, todos los Durrbachlers de ascendencia desconocida tuvieron asegurado su registro en el Libro de Orígenes genealógico suizo, aunque cada inscripción requería la aprobación de uno de los tres jueces reconocidos como expertos en la raza: el mesonero Franz Schertenleib; otro experimentado criador: Gottfried Mumenthaler, y un veterinario de Langnethal, el Dr. Scheidegger.

Estos tres especialistas, junto al ilustre Albert Heim, organizaron la primera asociación de la raza, a la que llamaron el Schweizerischer Durrbach Klub. Como miembro fundador, Heim sugirió que todos los perros Durrbach tricolores fueran llamados con un mismo nombre y convenció a los otros miembros de que éste fuera «Berner Sennenhund», para honrar a la villa dentro de la cual esta raza proliferó. El nombre era en sí inapropiado para los orígenes y tareas del perro, porque la traducción literal significa «Perro de pastor alpino (montañés) de Berna» y el Durrbach proviene de las tierras bajas. Sin embargo, el club, después de alguna discusión, aprobó el cambio de nombre. De acuerdo con esto, el club fue también conocido como el Berner Sennenhund Klub.

En aquella época se estableció la necesidad de mejorar la apariencia y el temperamento de los perros eliminando a los malos ejemplares de sus programas de cría. Aunque se mantuvieron todavía algunas diferencias en cuanto al color y las marcas, la exposición produjo muchos buenos ejemplares que fueron admitidos en el Libro de Orígenes genealógico. Los criadores fueron receptivos, lo que a fin de cuentas mejoró sus programas genéticos en la cruzada por obtener un tipo más uniforme de perro.

Aquellos esfuerzos también sirvieron para definir las características del Bernés en relación con las otras tres razas alpinas: el Gran Boyero Suizo, el Appenzeller y el Entlebucher, siendo el Gran Suizo (o Swissy) el que compartía un pasado común con el San Bernardo. Aunque las cuatro razas son adictas al trabajo y poseen instintos ancestrales para el pastoreo, existen entre ellas significativas diferencias en cuanto al tipo, la talla y el pelaje. Y aunque las cuatro muestran la misma disposición plácida y amistosa, también existen sutiles diferencias en el temperamento. El Bernés y el Swissy, las mayores entre las cuatro, son hoy las razas alpinas mejor conocidas y son también más asequibles que las pequeñas: el Appenzeller y el Entlebucher.

Durante estos primeros años del siglo XX se usaron para la cría a muchos perros de ascendencia desconocida. No obstante, hacia 1940 era posible encontrar pedigrees con cinco generaciones registradas y con poca consanguinidad en sus bases. Pero, a despecho de los esfuerzos por conservar únicamente las mejores cualidades de la raza, el temperamento correcto aún constituía un problema y los miembros del club acordaron en que podría ser necesario introducir otra raza en el pozo genético.

Una hembra de Bernés llamada Christine v. Lux, quedó preñada cuando un macho Terranova llamado Pluto v. Erlengut saltó la valla que los separaba y, accidentalmente, la cubrió. El 21 de diciembre de 1948, Christine tuvo siete cachorros –tres hembras y cuatro machos– que, parecían terranova.

De los siete cachorros, uno fue conservado para cría. Se trataba de una hembra de nombre Babette, que maduró con la morfología y el temperamento típicos de un terranova. Cuando cumplió los tres años de edad fue cruzada con el Bernés Aldo v. Tieffurt, y así se hizo madre de seis cachorros vivos y dos nacidos muertos. Cuatro de los cachorros estaban marcados de manera incorrecta y sólo dos, una hembra y un macho, tenían las marcas del Bernés. La hembra fue llamada Christine v. Schwarzwasserbachli y se le dio a Herr Mischler, el presidente del club en aquella época.

Mischler cruzó a Christine a los nueve meses de edad con un Bernés llamado Osi v. Allenluften, quien era un reproductor probado. De este cruce nacieron cinco cachorros, de los cuales sólo sobrevivieron un macho y una hembra. Alex, el macho, creció para convertirse en un representante excepcional de la raza: ganó numerosos premios en las exposiciones de belleza y llegó a ser Campeón Internacional y Campeón Mundial en 1956.

A lo largo de su vida, Alex fue cruzado con una gran variedad de hembras y produjo 51 camadas en las cuales imprimió muchas características deseables del Bernés. Con el tiempo, muchos criadores desarrollaron programas de consanguinidad en línea (line-breeding) para concentrar las grandes cualidades que se lograron a partir de los cruzamientos de Alex.